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星云和一群外省籍的法师，被关在一间大仓库里，连躺下休息都不行，还经常被喝斥、捆绑，甚至眼睁睁的看人被拉出去枪毙，今天枪毙几个，明天枪毙几个……

虽然牢狱那么可怕，星云也坦然面对生死，不过也有温暖的事。当时看守这群出家人的警察，因为对出家人有好感，对佛法有兴趣，每天都和他们谈佛法，还对他们说：“你们很快就可以出去，出去的时候，我要跟你们出家！”大家都以为这个警察的心很好，是在安慰大家，没想到他们放出来的时候，那位警察也出家了，法号“广元法师”。

关了二十三天的黑牢，由于孙立人将军夫人孙张扬清居士的担保、吴经态居士等人的奔走，才被营救出狱，慈航法师就没有这么幸运，他被关了一百五十天，日后在汐上弥勒内院圆寂，内身不坏。

出狱之后，警备总部还日夜派人跟监，因为有人诬陷星云“白天收听共匪广播，晚上换了便服，在外面散发反政府的传单有亲共标语”，他也不以为意。一年之后，黑函不攻自破，跟监的人受到星云的感化，皈依成为佛门弟子。

“出狱后，还住在圆光寺，妙果老和尚叫我帮他为佛学院的毕业特刊写了一篇‘回顾与前瞻’的文章，我当时很年轻，就想揣摩老和尚的口气把文章写好。事后，老和尚不放心，他认为我这么年轻，怕我写出来的文章不成熟，便拿给主编圆明法师看，问他说：‘ 你看，这写文章的和尚几岁？”圆明读了，大为钦佩，说：“看这文章的思想观点就知道是老修行人，大概六十几岁吧！”他还猜说是东初法师写的。这件事给我的鼓励很大，觉得自己可以走文章弘法的路。”