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智顗还在当阳县玉泉山建立精舍，重修十住寺，打算住在这里不走了。

据说这里本来十分荒凉偏僻，野兽蛇暴经常出没，创寺之后，决无忧患。是年春夏大旱，老百姓都说是神发怒，智顗亲自跑到泉源呼风唤雨，使谣言自灭。

他的动静很大，引起了荆州总管达奚儒的注意。再聚法会时，遭到荆州的干涉，勒令解散。

智顗只好又给杨广写信，请杨广做玉泉的大檀越，杨广再次同意。后杨广又写信给达奚儒，请他对智者及所修玉泉寺多加关照。杨广说了话，达奚儒也不好再横加干涉，情形才转好。

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智顗在玉泉寺四年，主要讲《法华玄义》和《摩诃止观》，然后由灌顶记录整理成书，成为天台宗的主要经典。《法华玄义》是对《法华经》的理解，《摩诃止观》是讲禅法的。摩诃是梵文，意为大，“止”为停息，“观”是智慧。是指教理与修证两大部门，称教观二门。

看来智顗是一心要在创立宗派上做文章的，在江都，只能是杨广的家僧，所以他要离开。他在这里收了很多弟子。据说他一生造寺三十六所，度僧一万四千余人，亲传弟子三十二人。在玉泉寺就有不少。大概是他比较开心的时候，讲《妙法莲华经》一个“妙”字，能讲九十多天。

开皇十三年（公元593年）二月二十二日，杨广入朝，行至陕州（治所今河南陕县），又遣使送去亲笔信往荆州奉迎智顗，称自己“驰仰之诚与时而积”，越来越想念了。

五月，智顗派弟子奉书报晋王，送上新建玉泉伽蓝（寺庙）图，献上相传是外国献给梁武帝的珍贵“万春树皮袈裟”。杨广收到礼物后就修书一封表示感谢，并以丰厚的礼单表示回报。文帝也敕书匾额，赐智顗创办的精舍名曰“玉泉寺”，并敬问道体，也就是身体如何。

荆州继任总管王积慌了神，急忙随即到山上礼拜，境况大为改观了。据说王积上山礼拜，见到智顗后浑身出汗、颤抖。王积身经百战，未曾怵过，此次竟会这样，令人非常不解。

杨广始终想着要智顗入江都。又三番写信派人迎接智顗，一定要见到师父。没有办法，智顗只好在595年二月到了金陵。

智顗始终不愿住进慧日道场，先到金陵栖霞寺，后又来到江都城外禅众寺。大概就是不愿做杨广的笼中鸟。面对智顗的风骨，杨广转而希望大师传授佛法。两次修书向智顗问禅法，很可能想成为智者传灯弟子，智者频辞不免，乃著《净名经疏》，此经疏是对《维摩诘经》作的注解。

七月，智顗以所著《净名经疏·初卷》奉送晋王，杨广很高兴地接受了，但他进一步要智顗授禅传灯却遭到了断然拒绝。其后一段时间，智顗的活动受到了监视。这从他去世前写给杨广的信中可以看出。“今出期既断，法门亦绝。”不让他出去传法，法门就绝了。他很愤慨，这是信中“六恨”之一，也是人们对智顗死因猜测的一个依据。

开皇十六年（公元596年）三月二十日，智顗致信杨广，再次请求离开江都。信中说：天台是他的终老之地，恐怕自己离死不远了。一旦不行，要弟子们把“焚烧余骨送往天台，愿得次生还栖山谷，修业成办乃可利人”。心情相当悲凉。数天后，又和杨广见面，当面告辞。杨广只有放归。

中国高僧都是大山之子，回到别离十二年的天台山，智顗无比舒畅，除了“负杖闲游”，还钻研经文。

597年八月，会稽嘉祥寺吉藏大师请智顗到会稽去讲《法华经》，智顗也拒绝了。智顗要一心在天台解经，建立自己完美的系统工程。

这次智顗应该在天台山住到底了吧。但是还不行。杨广还是不放过智顗。

果然，十月，杨广又一次派人上山奉迎，看来不下山不行。智顗预示到自己这次去江都，永远回不来了，就做了最后准备，把平日用的物件都送了人，“又画作寺图以为样式，诫嘱僧众”。在预示了自己必死之后，智顗启程，行至石门，感到身体不行，就对弟子智越等说：“大王让我来，我来了。知道我的命在这里，不走了。”

二十一日口授遗书并亲写四十六字给杨广，将其遗著《净名经疏》三十一卷交付给杨广，还嘱请杨广为南岳大师慧思作碑颂，又“乞废寺田为天台基业”，“为作檀越主”。智顗说：“此等之事，本欲面咨，未逢机会奄成遗嘱，亦是为佛法为国土为众生。”

大师在这一刻还是要为国土为众生。

然后不吃药，也不吃饭，静等时辰来到。

十二月二十四日未时，“右胁西向而卧”（面向西，右侧卧，是佛涅槃的姿势），安详入灭，春秋六十，僧腊四十。僧腊就是受戒出家后的年数。以每年夏安居结束的七月十五日为岁腊结束之日。十六日以后为新岁。