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第巴桑结嘉措利用五世达赖喇嘛的圆寂，秘而不宣，集西藏政教大权于一身，随后又通过扶立仓央嘉措和拉拢麻痹新即位的蒙古汗王，企图巩固既得权势。但是，一方面仓央嘉措拒不合作，另一方面拉藏汗又野心勃勃且技高一筹，最终谋败身亡。在这一过程中，在世俗争斗漩涡中一时因为厌倦而貌似沉迷酒色的仓央嘉措，似乎与老谋深算的拉藏汗走得更近一些。

对于他的放荡行为，第巴桑结嘉措自然是严加劝诫，而拉藏汗则一方面纵容姑息，陪他放枪射箭，骗取信任，另一方面又暗中告密，诋毁其六世达赖转世灵童的身份，指责其为“假达赖”并将矛头直指仓央嘉措背后的第巴。

杀死第巴以后，拉藏汗迫切需要得到清廷的认可和支持，所以他在第一时间即向清廷陈奏事变缘由，恳请在次年七月初一日拉萨蒙藏僧俗大会时，康熙皇帝能够颁下良旨，对他表示支持和保护。在综合考虑西藏局势后，清廷站在了拉藏汗一边。康熙四十五年十二月（1707年初），早就对第巴操纵西藏实权感到不满的清廷封其为“翊法恭顺汗”。

在取得权力斗争的胜利之后，拉藏汗所做的另外一件事情，就是立即抛弃了昔日密切相处的仓央嘉措。1706年，在清廷的默许下，拉藏汗宣布废黜仓央嘉措六世达赖喇嘛的身份，并于次年拉拢新任第巴隆索，新立他一手培养的阿旺益西嘉措为“六世达赖喇嘛”。这样，拉藏汗在已经控制了西藏地方政府政权的情况下，还试图通过自己控制的新达赖，达到其集政教大权于一身的目的。

然而，拉藏汗暂时的胜利并未给他带来绝对的权威，匆匆新立为“六世达赖喇嘛”的益西嘉措更是受到了西藏僧俗的抵制。益西嘉措虽住布达拉宫达11年之久，但西藏人从未认可他是真达赖。蒙古汗王与西藏上层贵族的矛盾，也并未就此终结。拉藏汗面临的，实际上是一个更加复杂凶险的局面。

也正是因为对所面临的危险的察觉，拉藏汗在处理仓央嘉措善后问题上矛盾重重。一方面，他希望把仓央嘉措控制在自己手里，所以一开始拒绝了康熙皇帝要求将仓央嘉措押解到京的命令。可是后来，他又不得不主动把仓央嘉措送往北京，希望把这块烫手的山芋交到康熙皇帝手里。然而此时，康熙皇帝也改变了主意，不愿意沾惹这一棘手的难题。

在对退位后的仓央嘉措的处理上，虽然拉藏汗和康熙皇帝各怀心事，但由于仓央嘉措的六世达赖身份业已根深蒂固深入人心，谁也不敢轻易起杀害之心，以免激化矛盾招致灾难。而这一心态，也为后来仓央嘉措所谓“病死青海湖”的官方结论埋下了伏笔--因为这样一个结局，是官方最希望看到的。

由于拉藏汗自行所立的益西嘉措得不到格鲁派寺院集团上层当权者的认可，西藏的局势人心浮动，康熙皇帝认为这是削弱拉藏汗的地位、强化中央政府对西藏直接统治的一个机会。于是，在钦派侍郎赫寿进藏协同拉藏汗办理藏务后，他又在康熙五十二年（1713年），正式册封五世班禅罗桑益西为“班禅额尔德尼”（满语尊称，“珍宝”之意），同样颁赐了金册、金印和谕旨，以期在格鲁派与蒙古汗王之间取得新的政治平衡。此后，历世班禅额尔德尼的转世继位，都必须经过中央政府的册封和批准。而班禅也从此取得了和达赖几乎同等的宗教地位。