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康熙四十九年（1710年），拉萨三大寺喇嘛和青海蒙古首领察罕丹津等人根据仓央嘉措在诗作中的暗示，从康区理塘寻访到仓央嘉措的转世灵童格桑嘉措。康熙五十五年（1716年），格桑嘉措被送往塔尔寺出家受戒。此时仓央嘉措已经退位，拉藏汗所立的益西嘉措得不到西藏僧俗的认可，所以清廷对仓央嘉措的转世灵童格桑嘉措采取了默认的策略。

康熙五十六年（1717年）秋天，在噶尔丹兵败自杀20年后，其侄儿策妄阿喇布坦东山再起，打着“拯救黄教”和为桑结嘉措报仇的旗号，向西藏大举进犯，并于年底攻占拉萨，擒杀拉藏汗，囚禁并废黜了拉藏汗所立的从未获得广泛承认的六世达赖益西嘉措。至此，蒙古和硕特部从固始汗起在西藏近80年的统治宣告结束。蒙古青海派势力联合西藏桑结嘉措集团的残余势力执杀拉藏汗后，清朝中央政府承认格桑嘉措为仓央嘉措转世化身。

康熙五十七年和五十九年，清廷两次出兵征讨准噶尔。期间，原属拉藏汗旧部的康济鼐、颇罗鼐等也组织后藏地区军民配合清军行动。在清军与西藏地方武装的夹攻下，康熙五十九年（1720年）八月，准噶尔军被驱除出藏。不过，为了稳定局面，平衡各方势力，青海派所立的仓央嘉措的转世灵童格桑嘉措继续获得承认，并被清廷派兵从青海护送返回西藏坐床。

虽然康熙皇帝曾正式下诏敕封格桑嘉措为“弘法觉众第六辈达赖喇嘛”，但因为仓央嘉措为六世达赖喇嘛的观念在西藏僧俗两界根深蒂固，到了乾隆四十八年（1783年），乾隆皇帝敕封格桑嘉措的转世灵童强白嘉措时，就通过认定强白嘉措为“八世达赖”的方式，默认了格桑嘉措为七世达赖、仓央嘉措为六世达赖的事实。

在驱逐蒙古准噶尔军、结束“以蒙治藏”的历史之后，西藏地方政府中独揽大权的第巴一职亦遭废止，改由新设置的众噶伦共同处理西藏政务。18世纪中叶以后，西藏建立噶厦政权，逐步确立了延续到上个世纪中叶的政教合一的体制。