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　　万历十一年春（一五八三），大师在石室结束了水斋，回想起在五台山所做的二次佛事影响很大，以致远近皆知。古人说：“大名之下，必难久居。”因此，大师决定避开五台山的虚声，走隐居修持的道路。
　　
　　以前大师曾阅读过《华严疏、菩萨住处品》，里面说：“东海有处，名那罗延窟，从昔以来，诸菩萨众，于中止住。”清凉国师解释说：“梵语那罗延，此云坚牢，即东海之牢山也。”从此大师对牢山一直很羡慕。这时大师开始实践到牢山去的愿望，他蹈东海访寻牢山，并开始使用“憨山”这久已取好的号。
　　
　　大师到了牢山，寻到那罗延窟，因为无法住人，就再去寻最深隐的地方。在山的南面，找寻到一处背负群山，面吞大海的幽静胜地，这里的景色十分壮观奇绝，使人有远离人间烟火的仙境妙域之感。
　　
　　这里原有一座观音庵，因遭历史浩劫，早已成为废墟。大师在树下辅了一张席，在露天下坐了七个月。后来当地土人张大心居土见大师在露天下勤苦修行，就为他盖了一间茅屋，大师住下后，再也无人往来，因此感到十分满意。
　　
　　到了第二年秋天，李太后因五台祈皇嗣有功，访求主事的三位师傅。大方法师与妙峰大师已接受了惠赐，惟寻不到憨山大师。太后决心要访大师，就求龙华寺住持端庵法师去寻。端庵法师已知大师在牢山，就乘船去访大师。当他到了大师茅屋里并向大师叙述太后的心意时，大师却恳谢说：“倘使能蒙太后的恩德，容许我在这山海之间安居，已经恩赐很多了，又何必求其它的恩赐呢？”端庵法师听了只得回去复命。
　　
　　太后听了端庵法师的话，心里还是不好过，就在京城西山建了一座寺院，派内使一定要大师前来，可大师决意住山。太后没办法，知大师仍住茅屋，即拔了三千金派内使送去修建房屋。大师尽力制止说：“我有这几间茅屋已经够快乐了，又何必再另造房屋呢？”大师不受分文，使内使十分为难，只恐回去交不了差。大师见他为难，心里想：“主人有矫诏济饥之事，现在牢山东区正直岁凶，为何不可广圣母的慈心而救饥饿的百姓呢？”就与内使把这三千金遍施各府的僧众、孤老、以济饥饿。太后听内使汇报说已将三千金救济困厄，内心高兴地连连感叹。
　　
　　牢山附近的百姓，从来不知有僧宝以及佛教正法。大师居住的地方，算黄氏族人口最多，他们见大师精进修行，心里非常敬佩，慢慢地和大师接近起来。经过大师的努力摄化，那里的罗清教徒和外道教派的师长们，都相继率领他们的弟子来皈依大师，渐渐地他们明白了真正佛法的修行意义。
　　
　　万历十四年，神宗皇上敕颁藏经十五部，散施于天下名山。首先以四部置四边境，即东海牢山、南海普陀、西蜀峨眉、北疆芦芽。李太后派人送藏经到东海牢山，大师因事先不知道，以致藏经送到时无处安置，这时地方抚台等官吏见状便请来供奉起来。大师见有敕命，只得到京谢恩，太后与宫中眷属各出银两供养大师，让大师在牢山修建安置藏经的寺院，并预先取名为海印寺。
　　
　　大师在京听说达观大师到牢山访问他，立即兼程赶回。刚回到牢山脚下，正遇达观大师下山，立刻邀他同回禅室。两人谈禅论道，法味盎然，这样达观大师在此盘桓了二十多日才回去。临去时，还赠了一首诗给大师，其中有：“闲来居海上，名误落山东”的句子。
　　
　　到了冬天，冰天雪地，好一派海天风光。有一个夜晚，大师打坐后起来散步，看见湛蓝的大海，澄彻的夜空，洞然一大光明藏，了无一物，即刻作了一首谒：

　　海湛空澄雪月光， 
　　此中凡圣绝行藏。 
　　金刚眼突空花落， 
　　大地都归寂灭场。
　　
　　大师回转静室后，见案头放着一本《楞严经》，展开经卷，当见到：“汝心汝身，外及山河虚空大地，咸是妙明真心中物”全经的观境，顿时了然心目。他便振笔疾书，片刻之间已把心中所证全部写了出来，取名为《楞严悬镜》。一见蜡烛才檄了半支，这时大师叫维那进来，叫他念了一遍，听着听着，大师自己也象是听着梦中话一样。
　　
　　一天，大师想起《六祖坛经》中半夜砍头的公案，便想学习六祖的定力。大师每夜开门习观想：“假使人来借头，我便欢直地舍给他。”这样时间长了，觉得定力渐深。一个晚上，忽然有人嚷着：“强盗来了。”大师镇定他说，“把强盗叫来！”地点燃蜡烛，正襟危坐，没有丝毫的恐怖心，这时身材高大的强盗到了大师门口，见大师威严无比，一下子没了气焰，身体匍匐不敢入门，大师对他说：“这里没有什么东西。”又叫侍者到库房里取二百钱给了强盗，这强盔便带着敬佩的心情离开了海印寺。
　　
　　第二年，牢山建成了殿宇，大师开始开堂为大众说戒。从此四方的和尚到海印寺的日益增多，接着大师又为居士们讲解《心经》弟子记录成《心经直说》。秋天，胡顺庵告老还乡，送他儿子到海印寺出家为大师侍者，法名为福善，是大师弟子中成就最高的一位。