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　　达观大师逝世后，憨山大师回忆起他曾说过：“楞严经七趣因果，世间书籍没有与它对应的注解。”大师当时说：“春秋正是说明因果的书啊。”于是发心写《春秋左氏心法》，借发挥因果的道理，弹劾政治上不明因果而致的腐败，提倡因果乃立世不本。
　　
　　万历三十三年，大师六十岁。这年三月，大师渡过琼海，访寻苏东坡曾在此住过的桄榔庵和白龙泉，又寻找觉范禅师的遣迹，结果没寻到。晚上住在明昌塔院，写了一篇《春秋左氏心法序》。
　　
　　第二天，大师游石山，写了《琼海探奇记》和《金栗泉记》。晚上登上郡城，看见城中生气不佳，立刻对地方人士说：“琼城将有灾难了，你们赶快逃避吧！”但人们都还以为大师在骗他们。当大师收拾行装准备离城时，郡城的土大夫们苦苦相留，但他无论如何也坚持要去。
　　
　　第二天大师印渡过琼海，半个月以后，琼城即发生强烈的地震。城东的旧壁和门都陷了下去，城中的官舍完全倾塌，明昌塔倒下正压碎了大师曾居住过的楼房。许多知情人都认为大师有神通。
　　
　　四月制府檄大师回五羊。七月大师到曹溪。这时祖殿已完成十有六七，修建时欠工料费千金，大师向两位内使化缘，偿还了借款。大师又修建了五羊青门长春庵，作曹溪的廨院，为六祖大师办供。
　　
　　万历三十四年，神宗皇上的长孙诞生，朝廷大行恩赦，凡在充军的老年有病者，及有错贬的，都听其辩明释放。大师也在释放之例。
　　
　　第二年，大师迁籍曹溪，在山中常为弟子说法。
　　
　　大师幼年时曾读《老子．道德经》，因文古意幽，文句艰涩难懂，决心参究其中的义理。后经梢家弟子请求为《道德经》作注，因此，大师从万历二十年开始落笔构思，一定到参究透彻才落笔，如有一字未通，决不轻易放过。这样努力了十五年才完成了《道德经注》。大师曾说过：“我在写经注解时，总是凝神入观，体契佛心，到了内心智慧明彻时，才写在纸上，如东一涉思议，不中用。”可见大师的文章，都是从般若心中流出的。
　　
　　万历三十六年，大师计划修建曹溪大殿，化缘金，运木材，都亲自奔波。
　　
　　第二年二月，大师从端州运木材回来，被大风阻在羚羊峡。这时大师漫游端溪，写了一篇《梦游端溪记》。木材运到蒙江，大师先入山，正想召集僧众搬运木材时，不料有几个奸僧被奸商所动，出来反对大师，造谣说大师侵吞了常住，并鼓动大众反对大师，寺内一片喧哗。大师看到这情况，心中叹息说：“这都是我重建佛教，太著相的过错啊！”
　　
　　正当大众混乱时，大师独坐在堂上，焚香诵《金刚经》，诵到佛说四见即非四见时，忽然大悟，即下笔写了一篇《金刚决疑》。稿成时，大众也寂锋了，但这几个奸僧却上告到按院，按院准其辩明是非。
　　
　　大师飘然出门到按院听理，但困在芙蓉江病了二年，到了第三年七月才到郡县。这时“直指按部”也到郡访大师，因司理听信奸僧的诬告，欲加罪于大师，“直指按部”出来反驳说：“大师大有功于六祖，他舍去了自己的一切来振兴祖庭，现在奸僧反而得利，这难道是平等法门吗？”司理只得下放本府严究。本府到了曹溪，调查了实际情况，了解到大师对常住财物丝毫无犯，本府重怒奸僧，要不是大师的解救，难免一死。
　　
　　本府见大师如此高洁，再三请大师留住山中，但大师对修建丛林之事已生厌倦，因此力辞。大师把禅堂交付弟子怀遇掌管之后，自己一人飘然长往了。
　　
　　大师离曹溪时有付弟子诗十绝，录三首如下：

　　福田种子要深栽， 
　　因果如临明镜台。 
　　亲到宝山千万次， 
　　这回不可又空回。 
　　功德园林不可轻， 
　　脚跟步步要分明。 
　　莫教错落随他去， 
　　免使盲人又夜行。 
　　少小能存向上心， 
　　毫芒终长到千寻。 
　　只须历尽冰霜苦， 
　　姑得成材出郭林。
　　
　　大师到南岳时有留给岭南弟子诗十绝，录四首如下：
　　
　　底事分明在己躬， 
　　不须向外问穷通。 
　　但能触处回光照， 
　　莫被尘劳困主公。 
　　大道从来绝本真， 
　　多因分别强疏亲。 
　　直须看破娘生面， 
　　方是尘中特达人。 
　　尘劳浪迹久和光， 
　　只为拈提此事忙。 
　　千尺钓竿几斫尽， 
　　海天回首更茫茫。 
　　为法宁辞道路赊？ 
　　空云瘴海是天涯。 
　　频将一点曹溪水， 
　　灌溉西来五叶花。