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　　万历四十五年，大师七十二岁，正月在径山为大众说戒，结束后辞别径山的大众，到云栖山吊唁云栖大师。这时云栖大师的弟子千余人，久侯在山中。大师在禅堂里对大众发挥了云栖大师在生时的密行，弟子们听著听著，有的落下了眼泪，发出悲泣的声音。他们又请大师作了《云栖大师的塔铭》。
　　
　　大师出生时，玄津法师、谭孟恂居士，以及许多儒生绅土，留请大师在净慈堂说菩萨大戒。这时大师作了一篇《宗镜堂记》。
　　
　　大师在杭州的消息使全国许多名德慕名而来，他们汇集在西湖，各抒己见，提出诘难，大师一一予以答复，气氛十分热烈，是一次东南法会中盛说况空前的殊胜法会。
　　
　　玄津法师、谭孟恂居士在此将大师以前游历中所作的另星作品，整理成《东游集》刊行于世。
　　
　　此时，大师的功夫日趋成勤。虽然到处弘法，却不须尘拂和锡杖随身，他的面色玉一般的光晰，身体非常强壮，即使在酷暑中行走，也无半点汗水。晨夕盥沐时，盆中之水依旧清澈无浊。大师坐的时候，总是双枷跌，而且不须用手帮助。无论开眼合眼，二六时中，常在定中。不论是日间或夜里，在行住坐卧中，一闻他人启请法语，眼光如电，限眶里没有丝毫的纤留，也不须用手去拭。大师上堂说法时，辩才无碍，一启口就是数千百享，从来不吃一字，而且声如洪钟，震动堂外。大师提笔写开示法语时，不起于坐，叙述数千百字，笔无停留。平时，大师左手时刻转著数珠，右手握一柄白竹骨的析叠扇，无论冬夏常在手中，但不是为了扇凉，而是当遇著人天三界大指麾时，当案一击，靡不呼应。
　　
　　大师的道力神通的显现是无数的。在宗镜堂时，一天大师正升堂说法，见两僧挟持一僧走上台阶，而那被挟的僧人颠狂不止。这两僧乞求大师说：“这位师兄持大悲咒五年，平时行为也端正，不知何故会著魔成这个样子，请大师替他治吧！”大师说：“这病可医！”就命侍者在堂里寻到三位持秽迹金刚神咒的僧人。大师先在座位上自持神咒，又叫那三位僧人把神咒传给颠狂僧。开始时，那人不省人事，大师以扇在案上震威一击，再提授一句，颠狂僧即能随持，这样逐句传完后，颠狂僧如梦初醒，从此就再也无病了。大师叫他到香积寮去。
　　
　　又一日，有一僧来顶礼，还未礼毕时，大师即击扇喝值：“杀人贼，见我作什么？！”知客僧听见急忙赶来，那礼拜僧不说一句话就去了。大众都惊愕不解地看著。第二天这僧被官府所捕，大众这才明白大师的神通妙用。
　　
　　大师的神通事迹是不胜枚举的。又有一次，大师在嘉兴金明寺禅堂，晚上和道友们在谈论著佛法，忽然有一个提挺直马鞭子的人，在堂门外呼叫，有认识的说这是粮衙钱皂隶，都当做他喝醉了，想把他赶走，但他非但不去，反而越叫越响，声音中还夹杂著佛教术语：“今日活菩萨降临，我应该受超度了！你们不要拦阻我。”大家听了觉得奇怪，就去告诉大师。大师说：“可以让他进来。”那人一进来，即合掌礼拜具佛子威仪。大众都好奇地望著他，见他双膝著地，作鬼话说：“弟子仲日仁生的持长斋，修净土八年，今天是我亡故的五七期，借钱皂隶的身体求大师超度。我不愿到阴府去，应该往生西方净土，望菩萨慈悲指引。”说毕伏地流泪，悲泣不止。大师叫侍者中专修净土的耆宿六人侍立，自己亲自捻著数珠，并叫给他一数珠念千声佛号，这托鬼的身体即能跟随念佛，一堂大众，肃然无声。念佛结束后，大师又演蒙山施食文，当诵到：“应观法界性，一切唯心造”时，举扇击案大喊道：“速得解脱！”那人即答道：“解脱竟！”这样一连三呼三应，速度快极。过后，托鬼身站了起来，具佛子威仪，向大师称谢往生净土，又顶礼东西两旁的大众说：“各各努力，龙华会上相逢！”大约过了二小时，大众还聚在禅堂里未散，有的在哭泣，有的在叹息，也有的在偷偷暗笑，甚至有的还在訾议著，大师无动于衷，处之晏如。
　　
　　第二天，大师送他到临崖，他感激地顶礼大师，然后依旧返回禅堂门口，说了几句谢钱老宫赖托得度的话，便猝然扑地而醒，又是原来的钱皂隶了。这时旁边的一位知情人说：“仲日仁是隔河仲痒士、名闻韶的父亲，在生时修净土十分虔诚，这感应确是应该的。”大师的弟子福征也在旁说：“日仁是我的壁经社友。”就同善信等数十人去拜访。到了他家，这才知道已死了五七三十五日了，而那个钱皂隶因催粮到了地的灵座前，仲日仁乘他醉时，就引魂得度。
　　
　　过了几天，有一位许泰惟居土，素来信佛，他见过大师的神通感应，就请大师到他家，为父亲设灵，叩求大师说法。大师一席法语中，处处都指出他父亲在世时的阴暗事，听到的人都被大师惊人的道力慑服了。
　　
　　仅只几天，人们奔走相告，相传著活菩萨应世。无论男女老幼，都怀著一颗虔诚心想见一见大师。此刻，大师正在东塔，片刻之间，人们蜂涌而至，成千上万的人群站满了山门到方丈室的所有空间，人们要见大师的呼声一阵响依一阵。这时，大师和几位侍者，走到东塔的二层窗口，向大众慈悲致意，大众一见大师，礼拜的人群此起彼伏，如烟加云，人们从大师的道德神通，看到佛教的伟大，内心的虔诚和欣喜不可言喻，一直礼拜到天黑后，才渐渐散去。
　　
　　第二天，前来供养大师的人仍很多，大师觉得这样下去不好，第三天即渡江到淞陵了。