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　　万历三十一年秋（一六零三），大师在曹溪写信给达观大师，请他来重兴祖庭，但因发生了震动海内的“妖书事件”，达观大师不幸被捕入狱。所谓“妖书”即达观大师要求朝廷减免矿税的谏文，因为奸臣的挑拨，所以一片为国民的忠心，竟被冤屈入狱。
　　
　　这时，执政者想把达观大师处死。达观大师说：“世法如此，久住何为！”就洗了浴，点起油灯，端坐说了一首偈：

　　一笑由来别有因， 
　　那知大块不染尘； 
　　从玆收拾娘生足， 
　　铁橛花开不待春。
　　
　　说毕即溘然而逝。达观大师的近侍曹学程，听说达观大师已逝，急忙赴到，见师端坐不动，就抚著师的背说：“师傅去得好！”达观大师又开目微笑而别。这时年龄只有六十一岁，他这样洒脱自在的了脱，使朝野上下闻之，无不叹服。
　　
　　憨山大师听到达观大师逝世的消息，便想赶去吊唁，但因路途遥远，未能如愿。大师从南岳启程，经过数千里的长途跋涉，终于赶上荼毗法会上，大师举起火把说：
　　
　　“性火真空，性空真火，狭路相逢，定没处躲。恭维紫柏尊者，达观大和尚，偶来人世，误落尘寰。赤力力，脱尽娘生花衫；光砾烁，露出本来面目。荷担正法，纯刚就练就肩头；彻底为人，生铁铸成肝胆。生死路上，直往直来；今事门头，半开半掩。六十余年松风水月襟怀；千七百则兔角龟毛在仗。饶地未后风流，未免藏头露尾。撇下脏私，谁料落在憨山道人手中，今日恃为人天众前，当场拈出，大众还见吗？”大师用火把画了个O相，又说：

　　柱仗挑开双径云， 
　　通身涌出光明藏。 
　　珍重诸人著眼看， 
　　这回始信无遮障。
　　
　　荼毗了达观大师后，大师和达观大师的弟子们将达观大师的舍利安置在塔中，憨山大师又作了一篇塔铭，其中说：“师诞生后，五岁不语，一僧过门，摩其顶而谓其父曰：‘此儿出家当为人天师。"言讫忽然不见，师逐能语。髻年，性慷慨激烈，妇女无敢近。年十七，欲仗剑北游，至苏州阊门，天下雨，值虎丘僧明觉，见师少年不群，心异之，因与同盖，归寺餐宿。师夜闻诵八十八佛名经，侵晨，即解腰缠十余金，请剃发，礼明觉为师，往来三吴间。
　　
　　“一日辞明觉师去，闻僧诵张拙见道偈，至‘断除妄想重增病，趋向真如亦是邪"遂大疑之。每至一处，辄书二语于壁间，疑至头面俱肿。一日斋次，忽悟，头面立消，自是陵跞诸方。
　　
　　“过匡山，穷相宗奥义。一日行二十里，足痛，师以石砥脚底，至日行二百里，乃止。游五台，至京师，参遍融大长老，留住挂搭。遍参笑岩、暹理诸善知识。
　　
　　“见大千润公，上堂讲公案，以口耳为心印，以帕子为真传，师叹日：‘西来意果如是乎？"遂不入众。南还，至嘉禾，有密藏道开，南昌人，弃青衿出家，依师为侍者。郡城有楞严寺，为长水疏经处，久废。师与太宰陆五台公光祖心契，始议恢复，建禅堂五楹。成日，师行锥刺臂血盈盂，书一联云：

　　若不穷心，坐禅徒增业苦。 
　　如能护念，呵佛犹益真修。
　　
　　“师念大藏卷帙重多，致遐方僻陬，有终身不闻佛法名字者。欲刻方册，易于流通，普使见闻，作金。刚种子，即有谤者，罪当自代，遂倡缘。”
　　
　　达观大师在一些居士的帮助下，大量印刷了佛经方册的单行本，便于流通，易于翻阅，对佛教的传播产生了不可估计的作用。 
　　
　　塔铭中接著说：“师即刻藏嘉禾，有成议，”乃返吴门，省的得度师觉公，已还俗，以医名。师乃诈姓名，称病舟中。延明觉和尚珍视，觉见师，大惊，师即涕泣，劝之剃发。觉惭愧，还执弟子礼。”由此可见达观大师对师的至诚心和报恩心。
　　
　　塔铭中又说：“予度岭南五年，师以予未归初服（即僧服），每叹日：法门无人矣！若坐视法幢之摧，则绍隆三宝者，当于何处用心耶？老憨不归，则我出世一大负，矿税不止，则我救世一大负；传灯未续，则我慧命一大负。若释此三负，当不复走王舍城矣。”
　　
　　达观大师时刻念念于怀的，是佛教的兴盛、人民的幸福，可他这三负，在他在世时，却没有一件能圆满成功，这责任无疑留给了憨山大师。