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　　万历十七年（一五八九），大师四十四岁。这年大师开始阅藏经，并为僧众讲解《法华经》和《大乘起信论》。
　　
　　大师自从离五台山后，常有拜见父母之心，但恐落世俗知见，所以一直没去。
　　
　　不久前大师拟为报恩寺请一部大藏经，在十月份到了京都，太后即命人赠给一部。大师奉经到了龙江，这时报恩寺的宝塔连日放光呈瑞。大师到了金陵报恩寺，在迎经的那一天，宝塔的光明好象一座桥一样，呈半圆形向北伸延，迎接藏经的僧人都从光明中走过。直至安置藏经，建立道场，光明仍连日不绝。
　　
　　这罕见的奇妙光明，吸引了千千万万的人们来瞻仰观礼，面对如此瑞详之相，无不叹为稀有。
　　
　　大师送经到报恩寺的消息，不胫而走，一直传到他老母亲的耳朵里。老母亲欣喜异常，先派人去问候大师何日到家，大师说：“我这次是为朝廷之事而来，不是为了家庭来的。如果老母亲在相见时，如同过去未离时一样欢喜，那我最多可回家过二夜，否则我就不回去了！”老母亲见大师这样说，就派人再去说：“现在能再相见，已欢喜的不得了，那里还会悲伤？见一面就可以了，又何况是二夜呢？”
　　
　　大师在静坐中以神通力回到家里，老母亲一见儿子，因过于激动，竟高兴得昏倒在地。晚上，大家聚在房间里叙谈，一位族中的长者问：“你乘船来还是乘车来？”老母亲说：“何必问乘船来乘车来！”长者又问：“哪从何处来呢？”老母亲说：“从空中来！”大师听了惊讶地想：“怪不得若母亲当年能舍我出家啊！”于是问若母亲：“我出家后，你想念我吗？”老母亲说：“哪能不想念呢！”大师又问：“你怎么排遣这想念之情呢？”老母亲说：“我起初不知如何是好，后来知你在五台山，就去问师傅五台山在什么地方，师傅说‘在北斗之下，即你令郎盾住之处"。我从此后，每夜朝北斗星的方向礼拜，称念菩萨的名号，渐渐地就不再想念了。假如说你死了，就不再拜了，也不再想念了，今天见到你，是神通变化而来呀！”
　　
　　第二天，大师随二亲去祭祖墓，又去卜择二亲的葬穴，这时老父亲已八十岁了，大师开玩笑说：“今日活理老子，省得他日再来！”并把铲斫在地上，老母亲见了一把夺过铲说：“老婆婆自埋，又何必烦别人来！”连斫了数十下。第三天，大师向二亲告别，老母亲欢喜如故，未尝蹩眉，大师知道老母亲并非寻常之人。
　　
　　有一位黄子光，是当时大司马的弟弟。大师到牢山后不久，年龄还只十九岁时，就已在大师处皈依请益。大师授以《楞严经》，二个月即能背诵。从此茹素勤修，尽管父母反对，也不改变修行的决心。他平日用功，切志于参究明心，常常胁不至席，坐禅达旦。一次大师到南方去，黄子光心中暗想：“我生在边地，长期不闻三宝之名，今天幸遇大善知识，倘使大师不回来，我们就失去依靠了！”于是就在观音菩萨像前，刺臂燃灯供养菩萨，求观音菩萨加被大师早日归来。灯臂之后，火疮发痛，可他仍然日夜正襟危坐，持念观音菩萨圣号。这样过了三个月，火疮才痊愈。但在臂的疮痕上却结了一尊观音菩萨的形像，眉目身衣，宛然如画。大师回来后，他求出家的心很切，但大师始终不同意。第二年黄子光坐脱而去。
　　
　　大师在这几十年的修行历程中，时刻不忘重兴报恩寺，以前居五台龙门时，虽已有机会，但因需要费用太巨，未能行动，到东海牢山时，也时刻在等待时机。现在、大师认为机缘已熟，因此就以送藏经的因缘到了京都，将报恩寺的始末奏上太后，并且说：“工程浩大，需要经费很巨，难于轻举，愿乞圣母每日减少膳馐日用百两，这样积累三年，工程即可开工，积累十年，工程即能完成了。”太后听了十分高兴，这年十二月就开始积储经费。
　　
　　万历十八年的春天，大师书写《法华经》，表示感谢太后的德意。在这期间，有一伙人策划破坏道场。他们购买了方外的黄冠道袍，假称大师占了他们的道院。并还聚集许多人，诤讼到抚院。当时的开府李公，了解了事件的真相后，非常痛恨这伙无赖之徒，就把他们送到莱州府治罪。大师也去菜州府听察，并尽力替他们解救。可那数百名无赖不知大师的慈悲，依旧在府城里作哄闹事，并围著大师不去。大师见状，让身边的侍者到别处去，独自一人徐徐而行。
　　
　　到了城外，这伙无赖的首领，持刀在大师前挥舞，欲想杀死大师。大师镇定地看著他，笑了笑说：“你杀了我，怎样处理自己呢？”这首领听了大师的话，一时感到心虚，即刻收了刀，随同大师到了城外的二里地。将要分路时，无赖们认为首领对大师有利，想动手殴打他。大师心中暗想：“他们要是一鼓动，这首领就有危险了。怎么办呢？”大师干脆拉著首领同至寓处，关了门，脱了外衣，大师又摆出瓜果招待他。二人边吃边谈，首领完全被大师感化了。这时满市喧哗著这样一片声音：“方士杀僧了！”太守听到了这一消息，就派遣了府役把无赖捕了起来，无赖们惶惧地叩头求免。大师就对无赖们说：“你们不要怕，待我去说说看。”大师到了太守前，太守问：“狂徒要杀你吗？”大师说：“没有，府役来追捕时，我正和他们的首领在吃瓜果呢！”太守又问：“哪他们又为什么闹事呢？”大师答道：“他们只不过是一般性的市集喧闹而已。”太守想把他们拘留起来，大师说：“应把他们放掉，如栗用枷锁把他们拘起来，等于把恶人常放在身边，这是没有好处的。”太守听大师这么一说，忽然醒悟，立即下令叫地方官兵把他们驱散，狂徒不到三日，全部解散。这样，狂徒闹事的事就安宁下去了。
　　
　　这年，大师还写了一本《观老庄影响论》共八篇，其中论心法一篇文字虽最短，但却已概括了儒释道三教的中心思想。论心法中说：“我幼年学习孔教，俗不知孔教的源流；后来学习老庄学说，也不达老庄学说的宗旨。当退出世务，进人深山大泽时，努力于习静观心的法门。因为习静观心的功能，明白了三界唯心，万法唯识的深妙道理，既然三界万法都是心与识的幻现，那么一切有形相的事物都是心的幻影；一切声音语言，都是心的幻响。而一切圣人身体，是心的幻影中显现最庄严的形相，圣人的言教，是心的幻响中最顺于真理的声音。正由于万法唯心的缘故，因此治世的政治、法律、文学、艺术，以及资助人们生存的一切事业，如果它们是善的，有益于人类大众的，那么，也都是顺于正法的。这是因为心外没有一事的独立存在，所以说万事万物都是真心所现。迷了真心的人，执著了客观环境和主客心识，他们就无法彻证真心本有的妙用；假如悟证了自己本具的寂而常照，照而常寂的真如妙心，那么，宇宙人生的一切现象，当下即是不可思议的妙有境界。但要悟证这万事万物的统一本源，而产生不可思议的妙用，这只有圣人才能达到啊！”